Cơ cấu tổ chức trong công ty được bố trí theo mô hình chiến lược do Ban Giám đốc đề ra với phương châm “Ðơn giản – Hiệu quả”, Môi Trường Xanh chú trọng vào chuyên môn hóa và sự phối hợp chặt chẽ giữa các trung tâm chức năng và phòng ban hỗ trợ.